陈永恩于1873年清（同治十二年）生于福建古田县上墘村，曾先后在圣公会在福州创办的广学书院、真学书院读书，最后毕业于上海圣约翰大学，获得博士学位。1903年5月（清光绪二十九年），霍约瑟主教（Bishop J. C. Hoare）巡访福建教会，于5月13日按立陈永恩、张有虔（张光旭之叔父）、张永道、黄芬芳、陈怀义等人为会长（牧师）。陈永恩会长后来担任福州“广学书院”掌教。
1908年（光绪三十四年），《美国基督教报》报社社长克洛卜先生捐赠一笔巨款给福州基督教会，作为开办福州孤儿院经费。福州基督教美以美会、圣公会、美部会召开议会成立董事会，选举圣公会陈永恩牧师为董事长。孤儿院选址仓山下渡周厝巷，并于1915年定名为“基督报福建孤儿教育工艺院”。
1910年（光绪三十六年），圣公会“真学书院”与卫理公会“福音斋”，以及公理会的“圣学书院”联合成立“福州协和道学院”，院址设于福音斋。陈永恩牧师担任该校教师；后来又担任真学书院副院长多年。1917年，陈永恩被按立为会吏总。1920年，陈永恩还被派往连江，担任连江支会副总理一年。
1918年，恒约翰牧师（Rev. John Hind）被选为福建教区第二任主教后，即对福建教会进行一系列改革，致力于教会中国化，使教会自立、自养、自传，成为中国人自己的教会，而非西人的教会。1922年，陈永恩被按立为中华圣公会福建教区会吏长。
1922年，中国各地掀起了“反基督教同盟运动”并持续多年。在福州尤以1927年形势严峻。当时圣公会恒约翰主教以中国教会主权应归属华人，举华人为主教方为合法。当年教区年议会时，选举陈永恩会吏总为副主教。1927年“诸圣日”（11月1日），陈永恩在上海“诸圣堂”被祝圣为福建教区第一位华籍副主教，当时福建选派十多位 代表前往参加祝圣典礼。 1931年4月，福建教区创办《福声》月刊，此刊为“五年布道奋进运动”开展专刊。在创刊号，中华圣公会福建教区副主教陈永恩致的发刊词，表明该刊出版的目的和意义。同年4月，在罗源“一善堂”举行了职员奋兴会，这次会议为期一周，总题目是“高举基督”，会督陈永恩、干事叶见元等均发表了演讲。
1933年，陈永恩副主教到霞浦萃贤堂为41为教友施行了坚振礼。1940年3月31日，恒约翰主教和陈永恩副主教同时退休。
1950年，陈永恩出席中华圣公会福建教区创立一百週年纪念礼拜，并与众牧长合影。1951年，陈永恩在福州辞世。
资料来源
- 陈公裳：“忆福建孤儿院”，载于《文史资料选编》，福建人民出版社，2003年1月第1版，第585页。
- 陈林：“《福声》月刊与福建圣公会文字出版事业”，载于《闽江学院学报》第28卷第6期，2007年12月。