陳永恩於1873年清（同治十二年）生於福建古田縣上墘村，曾先後在聖公會在福州創辦的廣學書院、真學書院讀書，最後畢業於上海聖約翰大學，獲得博士學位。1903年5月（清光緒二十九年），霍約瑟主教（Bishop J. C. Hoare）巡訪福建教會，於5月13日按立陳永恩、張有虔（張光旭之叔父）、張永道、黃芬芳、陳懷義等人為會長（牧師）。陳永恩會長後來擔任福州“廣學 書院”掌教。
1908年（光緒三十四年），《美國基督教報》報社社長克洛卜先生捐贈一筆巨款給福州基督教會，作為開辦福州孤兒院經費。福州基督教美以美會、聖公會、美部會召開議會成立董事會，選舉聖公會陳永恩牧師為董事長。孤兒院選址倉山下渡周厝巷，並於1915年定名為“基督報福建孤兒教育工藝院”。
1910年（光緒三十六年），聖公會“真學書院”與衛理公會“福音齋”，以及公理會的“聖學書院”聯合成立“福州協和道學院”，院址設於福音齋。陳永恩牧師擔任該校教師；後來又擔任真學書院副院長多年。1917年，陳永恩被按立為會吏總。1920年，陳永恩還被派往連江，擔任連江支會副總理一年。
1918年，恒約翰牧師（Rev. John Hind）被選為福建教區第二任主教後，即對福建教會進行一系列改革，致力於教會中國化，使教會自立、自養、自傳，成為中國人自己的教會，而非西人的教會。1922年，陳永恩被按立為中華聖公會福建教區會吏長。
1922年，中國各地掀起了“反基督教同盟運動”並持續多年。在福州尤以1927年形勢嚴峻。當時聖公會恒約翰主教以中國教會主權應歸屬華人，舉華人為主教方為合法。當年教區年議會時，選舉陳永恩會吏總為副主教。1927年“諸聖日”（11月1日），陳永恩在上海“諸聖堂”被祝聖為福建教區第一位華籍副主教，當時福建選派十多位 代表前往參加祝聖典禮。
1931年4月，福建教區創辦《福聲》月刊，此刊為“五年布道奮進運動”開展專刊。在創刊號，中華聖公會福建教區副主教陳永恩致的發刊詞，表明該刊出版的目的和意義。同年4月，在羅源“一善堂”舉行了職員奮興會，這次會議為期一周，總題目是“高舉基督”，會督陳永恩、幹事葉見元等均發表了演講。
1933年，陳永恩副主教到霞浦萃賢堂為41為教友施行了堅振禮。1940年3月31日，恒約翰主教和陳永恩副主教同時退休。
1950年，陳永恩出席中華聖公會福建教區創立一百週年紀念禮拜，並與眾牧長合影。1951年，陳永恩在福州辭世。
資料來源
- 陳公裳：“憶福建孤兒院”，載於《文史資料選編》，福建人民出版社，2003年1月第1版，第585頁。
- 陳林：“《福聲》月刊與福建聖公會文字出版事業”，載於《閩江學院學報》第28卷第6期，2007年12月。